A competência territorial da 16ª Vara Federal abrange os municípios de Alhandra, Baía da Traição, Bayeux, Caaporã, Cabedelo, Caldas Brandão, Capim, Conde, Cruz do Espírito Santo, Cuité de Mamanguape, Curral de Cima, Gurinhém, Itabaiana, Itapororoca, Jacaraú, João Pessoa, Juripiranga, Lucena, Mamanguape, Marcação, Mari, Mataraca, Mogeiro, Natuba, Pedras de Fogo, Pedro Régis, Pilar, Pitimbu, Riachão do Poço, Rio Tinto, Salgado de São Félix, Santa Rita, São José dos Ramos, São Miguel de Taipu, Sapé, e Sobrado.

Competência da Unidade dentro de sua área territorial: privativa para processar e julgar todas as ações penais, as execuções penais e seus respectivos incidentes, bem como as infrações penais de menor potencial ofensivo, concernentes aos Juizados Especiais Federais Criminais (Lei nº 10.259/ 2001).